genomic #transcriptomic #databases #ANNOVAR #free #HISAT2 #Variant #RNAseq #DNAseq#

با توجه به اهمیت دیتابیس‌ها در آنالیز داده‌های NGS تصمیم گرفتیم که تعدادی از دیتابیس‌های مورد نیاز شما در مسیر آنالیزها را در اینجا در دسترس شما برای دانلود قرار دهیم. از این موارد در انواع پایپلاین‌ها میتوانید استفاده کنید.

راستی اگر دیتای خاصی مدنظرتون بود که فکر میکردید خوب میشه که روی سرورمون قرار بگیره تا برای شما هم دانلودش راحت بشه در بخش دیدگاه‌ها برامون بنویسین.

موفق باشین

میلاد

Databases

Base quality score recalibration (BQSR) database, Source: Broad Institute, dbSNP146, hg19: Download

Base quality score recalibration (BQSR) database, Source: Broad Institute, dbSNP146, hg38: Download

Variant quality score recalibration (VQSR) databases, Source: Broad Institute, hg38, all in one file: Download

Variant quality score recalibration (VQSR) databases, Source: Broad Institute, hg19, all in one file: Download

BWA-mem indexed genome, Source: Illumina, GRCh37: Download

af-only-gnomad Germline resource for somatic variant calling using mutect2 pipeline, Source: Broad Institute, GRCh37, optional, chr-embedded: Download

af-only-gnomad Germline resource for somatic variant calling using mutect2 pipeline, Source: Broad Institute, GRCh37, optional, chr-not-embedded: Download

Human Genome FASTA file, hg19: Download

Bismark indexed genome, mm10, Mus musculus: Download

LIRICAL software with its databases: Download

#####################################################

-Some of the ANNOVAR local databases which they are not publicly or easily available:

hg19, Iranome : Download

hg38, Iranome: Download

COSMIC version 92, Coding and non-Coding variants, hg19: Download

Gnomad v4.1, hg38, exomes and genomes, are available on ANNOVAR web server.

Gnomad v4.1, hg19, exomes lifted over from hg38: Download

Gnomad v4.1, hg19, genomes lifted over from hg38: Download