genomic #transcriptomic #databases #ANNOVAR #free #HISAT2 #Variant #RNAseq #DNAseq#

دانلود پایگاه‌های داده NGS: ضروری برای آنالیز داده‌های توالی‌یابی نسل بعدی

در دنیای آنالیز داده‌های NGS (Next-Generation Sequencing)، پایگاه‌های داده نقش کلیدی ایفا می‌کنند. این پایگاه‌ها نه تنها دقت و سرعت تحلیل‌ها را افزایش می‌دهند، بلکه به پژوهشگران کمک می‌کنند تا از پایپلاین‌های NGS بهینه استفاده کنند. با توجه به اهمیت این ابزارها، ما تصمیم گرفتیم تعدادی از پایگاه‌های داده مورد نیاز برای آنالیز NGS را مستقیماً در دسترس شما قرار دهیم. حالا می‌توانید این منابع را دانلود پایگاه‌های داده NGS کنید و بلافاصله در پروژه‌های خود به کار ببرید.

چرا پایگاه‌های داده NGS ضروری هستند؟

آنالیز داده‌های NGS بدون دسترسی به پایگاه‌های داده معتبر، چالش‌برانگیز است. این پایگاه‌ها شامل اطلاعات ژنومی، واریانت‌ها، و ابزارهای مرجع می‌شوند که در مراحل مختلف پایپلاین – از ترازبندی تا تفسیر نتایج – کاربرد دارند. با دانلود این فایل‌ها از سرور ما، زمان و هزینه‌های شما کاهش می‌یابد و می‌توانید بر روی نوآوری‌های تحقیقاتی تمرکز کنید.

در این صفحه، لیستی از دیتابیس های کمیاب و محبوب NGS و پایگاه‌های داده مرتبط را برای دانلود آماده کرده‌ایم:

• پایگاه داده‌های ژنومی مرجع: برای ترازبندی reads.
• داده‌های واریانت انسانی: ایده‌آل برای مطالعات ژنتیکی.
• ابزارهای انوتیشن: برای تفسیر دقیق نتایج.

هر فایل با توضیحات کامل و فرمت‌های سازگار با نرم‌افزارهای رایج ارائه میشود.

پیشنهاد شما: داده‌های NGS دلخواه را به اشتراک بگذارید!

اگر داده‌های NGS خاصی مد نظرتان است – مثلاً یک پایگاه داده نادر یا فایل‌های به‌روز برای آنالیز داده‌های NGS و فکر می‌کنید افزودن آن به سرور ما , دانلود را برای جامعه علمی آسان‌تر میکند، حتماً در بخش دیدگاه‌ها بنویسید. ما همیشه به بازخوردهای شما برای بهبود منابع اهمیت می‌دهیم. ایده‌هایتان می‌تواند به هزاران پژوهشگر دیگر کمک کند! پس دریغ نکنید!!

شروع کنید: دانلود فوری پایگاه‌های داده NGS

دانلود پایگاه‌های داده NGS databases  را امتحان کنید و پایپلاین‌های خود را ارتقا دهید. اگر سؤالی دارید، در کامنت‌ها بپرسید – ما آماده پاسخگویی به شما هستیم!

در پروژه‌های NGS موفق باشید 

میلاد

Databases

Base quality score recalibration (BQSR) database, Source: Broad Institute, dbSNP146, hg19: Download

Base quality score recalibration (BQSR) database, Source: Broad Institute, dbSNP146, hg38: Download

Variant quality score recalibration (VQSR) databases, Source: Broad Institute, hg38, all in one file: Download

Variant quality score recalibration (VQSR) databases, Source: Broad Institute, hg19, all in one file: Download

BWA-mem indexed genome, Source: Illumina, GRCh37: Download

af-only-gnomad Germline resource for somatic variant calling using mutect2 pipeline, Source: Broad Institute, GRCh37, optional, chr-embedded: Download

af-only-gnomad Germline resource for somatic variant calling using mutect2 pipeline, Source: Broad Institute, GRCh37, optional, chr-not-embedded: Download

Human Genome FASTA file, hg19: Download

Bismark indexed genome, mm10, Mus musculus: Download

LIRICAL software with its databases: Download

#####################################################

-Some of the ANNOVAR local databases which they are not publicly or easily available:

hg19, Iranome : Download

hg38, Iranome: Download

COSMIC version 92, Coding and non-Coding variants, hg19: Download

Gnomad v4.1.hg38 databases are available through ANNOVAR website.

Gnomad v4.1.hg19, exomes lifted over from hg38: Download

Gnomad v4.1.hg19, genomes lifted over from hg38: Download