NGS و بیوانفورماتیک

دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها(بخش ۲)

بخش دوم مسیر WES: از Annotation فایل VCF تا فیلتراسیون، اولویت‌بندی و مرور شواهد تفسیر واریانت‌ها.

Milad Eidi ۲۹ درس
دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها(بخش ۲)
۹٬۹۹۰٬۰۰۰ تومان

ضمانت بازگشت وجه ۳۰ روزه

چه چیزی یاد می‌گیرید

  • انجام Annotation و آشنایی با پایگاه‌های داده مورد استفاده در ANNOVAR
  • دنبال‌کردن فیلتراسیون و اولویت‌بندی با Excel و ابزارهای خط فرمان
  • مرور چارچوب‌های تفسیر و استفاده از Exomiser و LIRICAL در مسیر تحلیل

درباره‌ی این دوره

پس از فراخوانی واریانت‌ها، مسئله اصلی انتخاب مواردی است که ارزش بررسی بیشتر دارند. در این دوره یاد می‌گیرید چگونه اطلاعات فایل VCF را تکمیل کنید، واریانت‌ها را فیلتر کنید و با کمک شواهد و ابزارهای اولویت‌بندی، مسیر تحلیل را دنبال کنید.

این بخش، مرحله دوم مسیر WES است و مثال‌های عملی آن بر داده‌های پنج بیمار ارائه‌شده در دوره بنا شده‌اند. روش‌های مبتنی بر Excel و خط فرمان در کنار ابزارهای خودکار بررسی می‌شوند تا ارتباط میان داده، فیلترها و تفسیر روشن‌تر شود.

سه بخش اصلی آموزش

  • تکمیل اطلاعات واریانتآشنایی با روش‌های تحت وب و Standalone برای Annotation، پایگاه‌های داده مرتبط و آماده‌سازی آن‌ها برای ANNOVAR.
  • فیلتراسیون و اولویت‌بندیبررسی مراحل انتخاب واریانت با Excel و ابزارهای خط فرمان در لینوکس؛ سپس آشنایی با Exomiser و LIRICAL.
  • شواهد و چارچوب‌های تفسیرمرور مباحث ACMG و AMP برای Germline و Somatic و مجموعه راهنماهای Incidental Findings سال‌های ۲۰۱۳ تا ۲۰۲۱ که در محتوای دوره آمده‌اند.

این دوره برای چه کسانی مناسب است؟

  • افرادی که فایل VCF آماده دارند و می‌خواهند مراحل بعدی تحلیل WES را دنبال کنند.
  • دانشجویان، پژوهشگران و کارشناسانی که به تفسیر و اولویت‌بندی واریانت‌ها علاقه دارند.

ویدئوی معرفی دوره

پیشنهادهایی برای شروع بهتر

  • آشنایی با VCF، مفهوم واریانت و مسیر فراخوانی واریانت‌ها پیشنهاد می‌شود.
  • شناخت مقدماتی Excel و خط فرمان لینوکس برای دنبال‌کردن روش‌های عملی مفید است.

سرفصل‌ها ۱ فصل

  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۲
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۳
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - فوق برنامه
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۴
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۵
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۶
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۷
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۸
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۹
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۰
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۱
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۲
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۳
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۴
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۴ پلاس
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۵
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۵ پلاس
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۶
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۷
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۷ پلاس
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۸
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۱۹
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۲۰
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت ۲۱
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش ۲) - قسمت 22
  • دوره تفسیر و فیلتراسیون واریانت‌ها (بخش2) - قسمت 23
  • آپدیت - آنالیز با نرم افزار LIRICAL
  • دانلود جلسات اسکایپ ماهانه دوره‌های WES

نظرات دانشجویان

هنوز نظری ثبت نشده است. اولین نفر باشید!

مدرس
Milad Eidi
Milad Eidi
متخصص بیوانفورماتیک

مدرس باتجربه در حوزه‌ی بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی.

مشخصات دوره
  • ۱ فصل
  • ۲۹ درس
  • دسترسی مادام‌العمر