NGS و بیوانفورماتیک

دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱)

بخش اول مسیر تحلیل WES و پنل هدفمند: پردازش FASTQ، فراخوانی SNV و Indel و تولید فایل VCF برای ادامه تحلیل.

Milad Eidi ۱۸ درس
دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱)
۶٬۹۹۰٬۰۰۰ تومان

ضمانت بازگشت وجه ۳۰ روزه

چه چیزی یاد می‌گیرید

  • شناخت مسیر پردازش داده خام تا تولید فایل VCF
  • دنبال‌کردن مراحل فراخوانی SNV و Indel و بررسی کیفیت خروجی
  • شناخت نقش ابزارهای اصلی و تفاوت بخش‌های Germline و Somatic دوره

درباره‌ی این دوره

در تحلیل WES و پنل‌های هدفمند، فراخوانی واریانت‌ها مرحله‌ای است که داده خام را به فهرستی از تغییرات قابل بررسی تبدیل می‌کند. این دوره، بخش اول مسیر سه‌مرحله‌ای WES، کار را از فایل FASTQ آغاز می‌کند و تا تولید VCF و بررسی کیفیت واریانت‌های فراخوانی‌شده پیش می‌برد.

تمرکز توضیحات اصلی بر SNV و Indelهای کوچک‌تر از ۵۰ باز در داده نمونه‌های آموزشی است. محتوای دوره همچنین بخش جداگانه‌ای برای Somatic Variant Calling دارد. تفسیر و گزارش‌نویسی در دوره‌های دوم و سوم این مسیر دنبال می‌شوند.

از داده خام تا فراخوانی واریانت

  • پردازش ورودیآشنایی با مراحل آماده‌سازی و تحلیل داده FASTQ در مسیر WES و پنل هدفمند.
  • Variant Callingفراخوانی SNV و Indel، تولید VCF و کالیبراسیون کیفیتی واریانت‌ها.
  • ابزارها و مسیرهای تحلیلکار با ابزارهای مطرح‌شده در دوره، از جمله HISAT2، GATK، SAMtools، BCFtools و Picard؛ همراه با بخش‌های Germline و Somatic.

این دوره برای چه کسانی مناسب است؟

  • پژوهشگران و تحلیلگرانی که می‌خواهند پردازش اولیه داده‌های WES یا پنل هدفمند را یاد بگیرند.
  • دانشجویانی که با مفاهیم NGS آشنا شده‌اند و قصد دارند وارد مسیر تخصصی تحلیل واریانت شوند.

پیشنهادهایی برای شروع بهتر

  • آشنایی با FASTQ، SAM/BAM و مراحل عمومی NGS پیشنهاد می‌شود.
  • آمادگی کار با خط فرمان و مدیریت فایل‌ها به انجام تمرین‌ها کمک می‌کند.

سرفصل‌ها ۳ فصل

  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۲
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۳
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۴
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۵
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - فوق برنامه
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۶
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۷
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۸
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۸ پلاس
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۹
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱۰
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱۱
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱۲
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱۳
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱۴

  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) - قسمت ۱ بخش سوماتیک
  • دوره فراخوانی واریانت‌ها(بخش ۱) – قسمت 2 بخش سوماتیک

نظرات دانشجویان

هنوز نظری ثبت نشده است. اولین نفر باشید!

مدرس
Milad Eidi
Milad Eidi
متخصص بیوانفورماتیک

مدرس باتجربه در حوزه‌ی بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی.

مشخصات دوره
  • ۳ فصل
  • ۱۸ درس
  • دسترسی مادام‌العمر