NGS و بیوانفورماتیک

دوره آنالیز Bulk RNA-Seq

تحلیل Bulk RNA-Seq از طراحی آزمایش تا بیان افتراقی، غنی‌سازی، شبکه‌های هم‌بیانی و مباحث تکمیلی circRNA.

Milad Eidi ۱۴ درس
دوره آنالیز Bulk RNA-Seq
۵٬۷۹۰٬۰۰۰ تومان

ضمانت بازگشت وجه ۳۰ روزه

چه چیزی یاد می‌گیرید

  • آشنایی با مسیرهای تحلیل بیان افتراقی در سطح ژن و ترنسکریپت
  • دنبال‌کردن اصلاح Batch Effect، مقایسه چندشرطی و تحلیل غنی‌سازی
  • شناخت مباحث WGCNA، نمایش شبکه و تحلیل تکمیلی circRNA

درباره‌ی این دوره

اگر تمرکز شما بر داده‌های Bulk RNA-Seq است، این دوره بخش مربوط به آن را از مجموعه جامع تحلیل بیان به‌صورت مستقل ارائه می‌کند. مسیر آموزش از طراحی آزمایش و تحلیل بیان در سطح ژن و ترنسکریپت آغاز می‌شود و به تحلیل‌های تکمیلی و نمایش نتایج می‌رسد.

در کنار مقایسه‌های بیان، اصلاح Batch Effect، تحلیل چندشرطی، Gene Ontology و شبکه‌های هم‌بیانی بررسی می‌شوند. محتوای دوره همچنین بخش تکمیلی شناسایی، کمّی‌سازی و تحلیل بیان افتراقی circRNA را در بر دارد.

مسیر تحلیل Bulk RNA-Seq

  • طراحی و پردازشمقدمات طراحی آزمایش و مسیر ژنی HISAT2–FeatureCounts–DESeq2/edgeR/limma.
  • تحلیل ترنسکریپتمرور مسیرهای HISAT2–StringTie–Ballgown و Kallisto–Sleuth برای تحلیل در سطح Isoform یا Transcript.
  • مقایسه و نمایشاصلاح Batch Effect، رسم نمودار، مقایسه چندشرطی و تحلیل غنی‌سازی Gene Ontology.
  • شبکه و مباحث تکمیلیWGCNA، Module Membership و Gene Significance، نمایش شبکه در Cytoscape و فراخوانی واریانت از RNA-Seq.

بخش تکمیلی: circRNA

  • شناسایی و تحلیلمعرفی RNAهای حلقوی، شناسایی و کمّی‌سازی با دو مسیر تحلیل و بررسی بیان افتراقی.

این دوره برای چه کسانی مناسب است؟

  • پژوهشگرانی که تمرکز پروژه آن‌ها بر داده‌های Bulk RNA-Seq است.
  • دانشجویانی که می‌خواهند بخش Bulk را جدا از مجموعه کامل تحلیل بیان دنبال کنند.

پیشنهادهایی برای شروع بهتر

  • آشنایی با بیان ژن، مفاهیم عمومی NGS و فایل‌های توالی‌یابی پیشنهاد می‌شود.
  • شناخت مقدماتی R، مفاهیم آماری و خط فرمان برای دنبال‌کردن تحلیل‌ها مفید است.

سرفصل‌ها ۲ فصل

  • جلسه اول
  • جلسه دوم
  • جلسه سوم
  • جلسه چهارم
  • جلسه پنجم
  • جلسه ششم
  • یک جلسه اسکایپ مهم
  • یک جلسه اسکایپ مهم دیگر
  • جلسه هفتم
  • جلسه هشتم

  • بخش اول - CirculatingRNA
  • بخش دوم - Circulating RNA
  • بخش سوم - Circulating RNA
  • بخش چهارم - Circulating RNA

نظرات دانشجویان

هنوز نظری ثبت نشده است. اولین نفر باشید!

مدرس
Milad Eidi
Milad Eidi
متخصص بیوانفورماتیک

مدرس باتجربه در حوزه‌ی بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی.

مشخصات دوره
  • ۲ فصل
  • ۱۴ درس
  • دسترسی مادام‌العمر