NGS و بیوانفورماتیک

دوره جامع آنالیز داده‌های بیان

مسیر جامع تحلیل بیان ژن: Bulk RNA-Seq، تحلیل تک‌سلولی و RNAهای حلقوی؛ همراه با تحلیل آماری، شبکه‌ها و نمایش نتایج.

Milad Eidi ۳۱ درس
دوره جامع آنالیز داده‌های بیان
۸٬۹۹۰٬۰۰۰ تومان
ورود برای خرید

ضمانت بازگشت وجه ۳۰ روزه

چه چیزی یاد می‌گیرید

  • دنبال‌کردن تحلیل بیان افتراقی در سطح ژن و ترنسکریپت
  • آشنایی با تحلیل تک‌سلولی، ساخت Count Matrix و خوشه‌بندی با Seurat
  • مرور تحلیل غنی‌سازی، شبکه‌های هم‌بیانی و شناسایی و تحلیل circRNA

درباره‌ی این دوره

این دوره سه بخش تحلیل بیان را در یک مسیر کنار هم قرار می‌دهد: Bulk RNA-Seq، Single Cell RNA-Seq و بررسی RNAهای حلقوی یا circRNA. برای کسی که می‌خواهد ارتباط میان این شاخه‌ها را در یک مجموعه آموزشی دنبال کند، ساختار دوره از تحلیل بیان در سطح ژن و ترنسکریپت به تحلیل تک‌سلولی و مباحث تکمیلی می‌رسد.

آموزش‌ها علاوه بر پردازش داده، موضوعاتی مانند اصلاح Batch Effect، نمایش نتایج، تحلیل غنی‌سازی و شبکه‌های هم‌بیانی را پوشش می‌دهند. بخش‌های Bulk و Single Cell به‌صورت دوره‌های جداگانه نیز در سایت ارائه شده‌اند.

بخش اول: Bulk RNA-Seq

  • بیان ژن و ترنسکریپتطراحی آزمایش و مسیرهای HISAT2–FeatureCounts–DESeq2/edgeR/limma، HISAT2–StringTie–Ballgown و Kallisto–Sleuth.
  • تحلیل و نمایش نتایجاصلاح Batch Effect، رسم نمودار، مقایسه چندشرطی و تحلیل غنی‌سازی Gene Ontology.
  • شبکه‌ها و مباحث تکمیلیساخت شبکه هم‌بیانی با WGCNA، شناسایی ماژول‌ها، Module Membership و Gene Significance، نمایش شبکه در Cytoscape و فراخوانی واریانت از RNA-Seq.

بخش دوم: Single Cell RNA-Seq

  • از فایل خام تا سلولمعرفی پروتکل‌ها و مسیر FASTQ تا Cellular Count Matrix.
  • خوشه‌بندی و استخراج دادهکار با Seurat و استخراج ماتریس شمارش برای خوشه‌های سلولی.

بخش سوم: RNAهای حلقوی

  • تحلیل circRNAمعرفی مفاهیم، شناسایی و کمّی‌سازی با دو مسیر تحلیل و بررسی بیان افتراقی.

این دوره برای چه کسانی مناسب است؟

  • پژوهشگران و دانشجویانی که می‌خواهند چند شاخه تحلیل بیان را در یک مجموعه دنبال کنند.
  • افرادی که علاوه بر پردازش داده، به تحلیل آماری، شبکه‌ها و ارائه نتایج علاقه دارند.

منابع و مسیرهای مرتبط

پیشنهادهایی برای شروع بهتر

  • آشنایی با مفاهیم NGS و بیان ژن برای دنبال‌کردن مطالب پیشنهاد می‌شود.
  • شناخت مقدماتی R، مفاهیم آماری و خط فرمان به انجام تمرین‌ها کمک می‌کند.

سرفصل‌ها ۵ فصل

  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه اول
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه دوم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه سوم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه چهارم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه پنجم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه رفع اشکال اسکایپی اول
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه ششم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه هفتم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه هشتم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه نهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه رفع اشکال اسکایپی دوم

  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه دهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه یازدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه دوازدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه سیزدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه چهاردهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه پانزدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه رفع اشکال اسکایپی چهارم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه پانزده و نیم !
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه پانزده و شش دهم !

  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه شانزدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه هفدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه هجدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه نوزدهم
  • دوره جامع آنالیز داده‌های بیان - جلسه رفع اشکال اسکایپی ششم
  • جلسه آپدیت - مربوط به بخش Single Cell RNA Seq

  • قسمت اول - Circulating RNA
  • قسمت دوم - Circulating RNA
  • قسمت سوم - Circulating RNA
  • قسمت چهارم - Circulating RNA

  • فرم نظرسنجی دوره

نظرات دانشجویان

هنوز نظری ثبت نشده است. اولین نفر باشید!

مدرس
Milad Eidi
Milad Eidi
متخصص بیوانفورماتیک

مدرس باتجربه در حوزه‌ی بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی.

مشخصات دوره
  • ۵ فصل
  • ۳۱ درس
  • دسترسی مادام‌العمر