NGS و بیوانفورماتیک

دوره مقدماتی آنالیز داده‌های NGS

از فایل خام FASTQ تا مشاهده داده در IGV؛ نقطه شروعی برای آشنایی با مسیر تحلیل داده‌های توالی‌یابی نسل بعد.

Milad Eidi ۹ درس
دوره مقدماتی آنالیز داده‌های NGS
رایگان

ضمانت بازگشت وجه ۳۰ روزه

چه چیزی یاد می‌گیرید

  • شناخت مراحل اصلی تحلیل NGS و نقش فایل‌های FASTQ، SAM و BAM
  • آشنایی با کنترل کیفیت، Trimming و Alignment
  • آماده‌سازی فایل BAM و مشاهده داده‌های هم‌ترازشده در IGV

درباره‌ی این دوره

برای شروع تحلیل داده‌های NGS، ابتدا باید بدانید هر مرحله چه کاری انجام می‌دهد و چه فایلی تولید می‌کند. این دوره مقدماتی مسیر پردازش داده را از دریافت فایل خام تا آماده‌سازی و مشاهده داده‌های هم‌ترازشده دنبال می‌کند.

آموزش‌ها با مفاهیم پایه آغاز می‌شوند و به ابزارهایی می‌رسند که در مراحل بعدی تحلیل به آن‌ها نیاز خواهید داشت. هدف، ساختن یک تصویر روشن از جریان کار NGS است تا بتوانید دوره‌های تخصصی‌تر را با آمادگی بیشتری دنبال کنید.

مسیر آموزش

  • شروع با داده خاماساس توالی‌یابی نسل بعد، نیازمندی‌های شروع تحلیل، ساختار FASTQ و دریافت داده با SRA Toolkit.
  • آماده‌سازی و هم‌ترازیکنترل کیفیت FASTQ، حذف بخش‌های نامناسب داده با Trimming و آشنایی با فرآیند Alignment.
  • از فایل خروجی تا مشاهده دادهشناخت SAM، تبدیل آن به BAM و بررسی فایل BAM در IGV.

این دوره برای چه کسانی مناسب است؟

  • دانشجویان زیست‌شناسی و ژنتیک که می‌خواهند وارد تحلیل NGS شوند.
  • پژوهشگران و علاقه‌مندانی که به یک مقدمه منظم پیش از دوره‌های تخصصی نیاز دارند.

پیشنهادهایی برای شروع بهتر

  • آشنایی مقدماتی با DNA و توالی‌یابی برای دنبال‌کردن مثال‌ها مفید است.
  • برای تمرین، دسترسی به رایانه و آمادگی کار با ابزارهای تحلیل داده پیشنهاد می‌شود.

سرفصل‌ها ۱ فصل

  • دوره General NGS - قسمت ۱
  • دوره General NGS​​ - قسمت ۲
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۳
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۴
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۵
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۶
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۷
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۸
  • دوره General NGS​​ – قسمت ۹

آزمون‌ها

  • آزمون نهایی دوره عمومی آنالیز NGS ۵ سوال

آزمون‌ها پس از ثبت‌نام در دوره فعال می‌شوند.

نظرات دانشجویان

هنوز نظری ثبت نشده است. اولین نفر باشید!

مدرس
Milad Eidi
Milad Eidi
متخصص بیوانفورماتیک

مدرس باتجربه در حوزه‌ی بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی.

مشخصات دوره
  • ۱ فصل
  • ۹ درس
  • دسترسی مادام‌العمر