NGS و بیوانفورماتیک

دوره آنالیز Single Cell RNA-Seq

از داده خام تا Count Matrix و خوشه‌بندی سلول‌ها با Seurat؛ آشنایی با تحلیل Single Cell RNA-Seq و مباحث تکمیلی.

Milad Eidi ۱۰ درس
دوره آنالیز Single Cell RNA-Seq
۳٬۸۹۰٬۰۰۰ تومان

ضمانت بازگشت وجه ۳۰ روزه

چه چیزی یاد می‌گیرید

  • شناخت پروتکل‌های scRNA-seq و مسیر FASTQ تا Cellular Count Matrix
  • آشنایی با خوشه‌بندی سلول‌ها با Seurat و استخراج ماتریس شمارش خوشه‌ها
  • مرور مباحث ارتباط بین سلول‌ها و بخش تکمیلی circRNA

درباره‌ی این دوره

این دوره مسیر تحلیل داده‌های بیان در سطح تک‌سلول را معرفی می‌کند. آموزش‌ها با پروتکل‌های scRNA-seq آغاز می‌شوند و سپس به ساخت ماتریس شمارش، خوشه‌بندی سلول‌ها و استخراج داده برای خوشه‌های انتخاب‌شده می‌پردازند.

در سرفصل‌های معرفی‌شده، تحلیل ارتباط بین سلول‌ها نیز مطرح شده است. محتوای موجود شامل جلسه تکمیلی Single Cell و بخش‌های مربوط به شناسایی، کمّی‌سازی و بیان افتراقی circRNA است. برای مطالعه متمرکزتر ارتباط سلول‌ها، دوره جداگانه این موضوع نیز در سایت وجود دارد.

موضوعات اصلی Single Cell

  • از داده خام تا ماتریسمعرفی پروتکل‌ها و مراحل رسیدن از FASTQ به ماتریس شمارش سلولی.
  • خوشه‌بندی سلول‌هاآشنایی با Seurat و استخراج Count Matrix بر اساس خوشه‌های سلولی.
  • ارتباط بین سلول‌هامرور این موضوع در مسیر تحلیل تک‌سلولی و معرفی دوره مرتبط برای ادامه مطالعه.

بخش تکمیلی: circRNA

  • شناسایی و بیان افتراقیمعرفی RNAهای حلقوی، شناسایی و کمّی‌سازی با دو مسیر تحلیل و بررسی بیان افتراقی.

این دوره برای چه کسانی مناسب است؟

  • دانشجویان و پژوهشگرانی که می‌خواهند تحلیل داده‌های Single Cell RNA-Seq را شروع کنند.
  • افرادی که با تحلیل بیان آشنا هستند و قصد دارند به داده‌های تک‌سلولی بپردازند.

پیشنهادهایی برای شروع بهتر

  • آشنایی با NGS، بیان ژن و ماتریس‌های داده برای شروع بهتر پیشنهاد می‌شود.
  • شناخت مقدماتی R و آمادگی کار با داده‌های شمارشی به دنبال‌کردن مثال‌ها کمک می‌کند.

سرفصل‌ها ۲ فصل

  • جلسه اول آنالیز Single Cell
  • جلسه دوم آنالیز Single Cell
  • جلسه سوم آنالیز Single Cell
  • جلسه چهارم آنالیز Single Cell
  • جلسات اسکایپ
  • جلسه آپدیت - بخش Single Cell RNA Seq

  • بخش اول Circulating RNA
  • بخش دوم Circulating RNA
  • بخش سوم Circulating RNA
  • بخش چهارم Circulating RNA

نظرات دانشجویان

هنوز نظری ثبت نشده است. اولین نفر باشید!

مدرس
Milad Eidi
Milad Eidi
متخصص بیوانفورماتیک

مدرس باتجربه در حوزه‌ی بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی.

مشخصات دوره
  • ۲ فصل
  • ۱۰ درس
  • دسترسی مادام‌العمر